يعتبرُ التعاون الإنمائي البلجيكي قضية المساواة بين الجنسَين من أهم المجالات التي ينبغي التركيز عليها، وموضوعاً شاملاً يجب أخذه في الاعتبار في جميع الاستراتيجيات والسياسات والإجراءات. وتسترشد جهود الحكومة البلجيكية في مجال الصحة والحقوق الجنسية والإنجابية بثلاثة مبادئ تعاونية: النهج القائم على حقوق الإنسان؛ والنهج الشمولي الإيجابي في مجال الشؤون الجنسية والإنجاب؛ والرعاية الصحية للجميع. وتحت سقف هذا الإطار، تتمثل أهم مجالات التدخل في: إدخال الرعاية الصحية الجنسية والإنجابية في الرعاية الصحية العامة والتغطية الصحية الشاملة؛ ومكافحة العنف الجنسي والعنف القائم على النوع الاجتماعي، والاستغلال الجنسي، والممارسات الضارة مثل تشويه الأعضاء التناسلية الأنثوية وزواج الأطفال والزواج المبكر والقسري؛ والتركيز على احتياجات الشباب والمراهقين ومشاركتهم الفعالة، ومعالجة شؤون الصحة والحقوق الجنسية والإنجابية في حالات الطوارئ وأوضاع النزاعات وعمليات بناء السلام.
وتشمل مجالات التعاون المحدّدة بين بلجيكا وصندوق الأمم المتحدة للسكان حالياً وفي الآونة الأخيرة: تنظيم الأسرة من خلال برنامج شَراكة الإمدادات في صندوق الأمم المتحدة للسكان، والتصدّي للعنف القائم على النوع الاجتماعي في المغرب، والمشاركة في نشر الذكورة الإيجابية والمساواة بين الجنسَين في فلسطين من خلال مشروع "رجال شجعان"، ورعاية التوليد في حالات الطوارئ في رواندا، وتمكين الشابات والشبان وحمايتهم عن طريق التدخلات من أجل المساواة بين الجنسَين في شرق القدس.